Manoscritto | [Autografo di opera propria] Alle cc. 192r-195r: trascrizione de Il Badoaro («accurata trascrizione, forse fatta dallo stesso Patrizi»).

Manoscritto | [Lettera] Lettera a Giovan Battista Strozzi (Ferrara, 18 maggio 1587).

Manoscritto | [Lettera] Alla c. 296r: lettera a Giovan Battista Strozzi (Ferrara, 12 marzo 1581).

Manoscritto | [Lettera] Lettera a Ferrando Gonzaga (Roma, 25 gennaio 1594).

Manoscritto | [Autografo di opera propria] La deca ammirabile (1587).

Manoscritto | [Autografo di opera propria] La deca sacra (1587); La deca semisacra (1588).

Manoscritto | [Autografo di opera propria] L’amorosa filosofia (1577).

Manoscritto | [Autografo di opera propria] La deca plastica (1587); La deca dogmatica universale (1587).

Manoscritto | [Zibaldone / Materiale di lavoro - Autografo di opera propria - Lettera] Appunti (Francisci Patrici Quartae Philosophiae Panaugiae primus de luce primaeva, con correzioni e aggiunte autografe); note sulla censura, a Clemente VIII, cc. 39r-44r; prefazione ...

Manoscritto | [Autografo con testo di altri autori] Trascrizione di [B. Giustiniani] Admonitio in Novam Francisci Patricii Philosophiam, copiato e paragrafato da Patrizi.

Manoscritto | [Lettera] Alla c. 35r: lettera a Tiberio Cerasio, Rettore della Sapienza ([Roma], 27 dicembre 1593).

Manoscritto | [Lettera] A c. 130r-v: lettera a destinatario sconosciuto (Ferrara, 12 settembre 1589).

Manoscritto | [Lettera] A c. 138r-v: lettera a Orazio Capponi (Roma, 25 aprile 1592).

Manoscritto | [Lettera] Alla c. 114r: lettera a Scipione Cybo (Roma, 29 aprile 1592).

Manoscritto | [Lettera] Lettera a Giambattista Benedetti (Ferrara, 5 dicembre 1586).

Manoscritto | [Lettera] Lettera a Giambattista Benedetti (Ferrara, 6 aprile 1587).

Manoscritto | [Lettera] Lettera a Giambattista Benedetti (Ferrara, 18 gennaio 1588).

Manoscritto | [Lettera] Lettera ad Andrea Zaccaria (19 luglio 1562).